La investigación es un pilar fundamental en la función universitaria en la UNSA, que asume un carácter institucional, especializado y multidisciplinario, para su implementación se priorizan áreas y líneas de investigación que enfatizan la investigación científica, para el desarrollo y la innovación, labor que incluye a docentes, alumnos y personal administrativo.
| Nro. | Facultad | Director de la unidad |
| 1 | Facultad de Administración | Bernardo Ramon de la Gala Velasquez |
| 2 | Facultad de Agronomía | Guido Juan Sarmiento Sarmiento |
| 3 | Facultad de Arquitectura | Erika Martha Guerra Santander |
| 4 | Facultad de Ciencias Biológicas | Climaco Pastor Coayla Penaloza |
| 5 | Facultad de Ciencias Contables y Financieras | Richard Javier Rodriguez Miranda |
| 6 | Facultad de Ciencias de la Educación | Fabiola Mary Talavera Mendoza |
| 7 | Facultad de Ciencias Histórico sociales | Jhon Ricardo Loayza Borja |
| 8 | Facultad de Ciencias Naturales y Formales | Trinidad Betty Paredes de Gomez |
| 9 | Facultad de Derecho | Juan Carlos Valdivia Cano |
| 10 | Facultad de Economía | Glenn Roberto Arce Larrea |
| 11 | Facultad de Enfermería | Sara Gaby Llerena Callata |
| 12 | Facultad de Filosofía y Humanidades | Luis Salome Salluca Quispe |
| 13 | Facultad de Geología, Geofísica y Minas | Pablo Ruben Meza Arestegui |
| 14 | Facultad de Ingeniería Civil | Calixtro Yanqui Murillo |
| 15 | Facultad de Ingeniería de Procesos | Victor Benigno Ascuna Rivera |
| 16 | Facultad de Ingeniería de Producción y Servicios | Jesus Jose Fortunato Talavera Suarez |
| 17 | Facultad de Medicina | Dunia Agueda Lozada Quintanilla |
| 18 | Facultad de Psicología rr.ii. y Ciencias de la Comunicación | Oscar Oswaldo Pacheco Rodriguez |
